柯南和小五郎等拉着大队，分开位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有传达，大约有关漂浮于海底的现代遗址“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留上去的宝藏传说。小兰和园子不惧传达，在“海底宫殿”左近潜水时，不测遇到一大群正在寻觅宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一同展开调查。                                    
                               柯南以为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开面前缘由，“海底宫殿”的谜题不时系绕在他的脑海中。他找到了一组微妙名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年光阴的暗号，柯南誓要逐渐解开迷题